Marvel’s Spider-Man 2’de oyuncular, oyunu başlattıklarında üç farklı zorluk seviyesi arasından seçim yapabilirler: Friendly Neighborhood, Dostane ve İnanılmaz. Ayrıca, oyunun hikayesini tamamlayan oyuncular için Ultimate adında bir bonus zorluk seviyesi de mevcuttur. Spider-Man 2, zorluk seçimini değiştirme seçeneği sunar. Oyuncular, Ayarlar menüsünden zorluk seviyesini istedikleri gibi ayarlayabilirler. Oyunun zorluğunu artırmak veya azaltmak, deneyimi önemli ölçüde etkileyebilir. Ayarlar menüsünde bulunan Zorluk Seviyesi bölümünde çubuğu sola veya sağa hareket ettirerek zorluk seviyesini değiştirmek mümkündür. Oyuncuların tercihine göre düşmanların sağlık, hasar çıkışı ve gizlilik farkındalığı da değişecektir. Spider-Man 2’de ise zorluk seçimiyle ilgili bir kupa bulunmamaktadır, bu da oyuncuların daha kolay bir modda oynamadan Platin kupası kazanabileceklerini göstermektedir.